Di bawah Deputi Bidang Kebijakan Strategis dan Perizinan (Sudirman Saad):
- Kepala Pusat Perencanaan Program Strategis: Evy Yusriani
- Kepala Pusat Harmonisasi Kebijakan Strategis: Budi Susilo
- Kepala Pusat Pelayanan Terpadu Satu Pintu (PTSP): Noor Azizah
Di bawah Deputi Bidang Pengelolaan Kawasan (Syarlin Joyo):
- Direktur Pengelolaan Pertanahan: Harlas Buana
- Direktur Pengelolaan Pengairan Pesisir: Ilham Eka Hartawan
- Direktur Pengelolaan Lingkungan Hidup dan Kehutanan: Hadjad Widagdo
- Direktur Pengendalian Kawasan: Harry Prasetyo Utomo
Di bawah Deputi Bidang Investasi (Fary Djemy Francis):
- Direktur Promosi dan Fasilitasi Investasi: Dendi Gustinandar
- Direktur Perencanaan dan Pengembangan Investasi: Irfan Syakir Widyasa
- Direktur Pengendalian Investasi: Yani Alkindi
- Direktur Lalu Lintas Barang: Rully Syah Rizal
Di bawah Deputi Bidang Pengusahaan (Denny Tondano):
- Direktur Badan Pengelola Kawasan Bandar Udara: Kurnia Budi
- Direktur Badan Pengelolaan dan Pengusahaan Pelabuhan: Benny Syahroni
- Direktur Badan Usaha Pemanfaatan Aset: Djohan Effendy
- Direktur Badan Usaha SPAM dan Pengelolaan Limbah: Idul Priady
Di bawah Deputi Bidang Pelayanan Umum (Ariastuty Sirait):
- Direktur Pengamanan Aset dan Kawasan: Brigjen Pol Mujiyono
- Direktur Rumah Sakit Badan Pengusahaan (RSBP): dr. Tanto Budiharto
- Direktur Diseminasi Informasi dan Antar Lembaga: Sthefani Barlian
Di bawah Deputi Bidang Infrastruktur (Mouris Limanto):
- Direktur Perencanaan Infrastruktur: Fesly Abadi Paranoan
- Direktur Pembangunan Infrastruktur: Wulung Dahana
- Direktur Pengawasan Infrastruktur: Boy Zasmita
(Kml/Ft)
